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Geneious

自動標注,實時序列分析和蛋白質結構預測

用我們全面的DNA序列編輯工具對您的序列充滿信心。 編輯并注釋序列,然后將您的作品導出為可發(fā)布的圖像。

Odoo圖像文字塊

使用自動注釋很容易發(fā)現(xiàn)

根據(jù)公共或本地數(shù)據(jù)庫中的現(xiàn)有模式和注釋自動注釋新基因組,包括將ORF注釋為基于這些模式和基于NCBI的查詢的假設基因。

  • 用ORF標注序列或用Glimmer預測基因
  • 通過復制和粘貼序列搜索圖案
  • 基于相似性的注釋(大型序列數(shù)據(jù)庫)
  • 使用對齊方式傳輸注釋
  • 用火衛(wèi)一檢測串聯(lián)重復
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強大的SNP檢測和變異調用

在美麗的瀏覽器中導航讀取。 在序列查看器中手動輕松識別,檢查和解決分歧,或快速注釋較大重疊群上的變異。 該功能可以配置為

  • 通過查找高于最低閾值的分歧來屏幕讀取錯誤。
  • 僅在編碼區(qū)域找到分歧
  • 確定變異對蛋白質翻譯的影響,包括僅密碼子中第一個和第三個位置發(fā)生變化的變異
  • 計算SNP正確的概率
  • 消除高鏈偏倚的SNP
  • 將您的變體導出到csv
  • 搜索并注釋短的結構變體,例如短串聯(lián)重復序列(STR)和插入和刪除事件(InDels)
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實時序列預測

只需點擊幾下,您就可以找到您的序列,包括:

  • DNA翻譯   - 翻譯和補充您的核苷酸序列。 一次翻譯任何一幀或全部6幀,或者只是翻譯您感興趣的注釋或選擇。
  • 共有序列   -根據(jù)您選擇的身份方案,其中包括在其上會自動選擇最佳的基地呼叫色譜數(shù)據(jù)“以質量求共識”預測一致序列
  • DNA序列   - 預測身份,讀取覆蓋率,有關基本頻率,殘基頻率,CpG島等的眾多統(tǒng)計數(shù)據(jù)
  • 蛋白質序列   - 預測分子量,等電點,疏水性,跨膜區(qū)域,卷曲螺旋區(qū)域,氨基酸電荷等

在Geneious中的自動標注

視頻簡介

中/英文教程

下載免費試用版和我們的其中一個教程,以交互方式掌握Geneious的功能。


教程 - 成對對齊

利用dotplots和比對算法開發(fā)將Gene和DNA序列對齊的技能。


教程 - 三維結構

探索Geneious 3D結構查看器中的控件,并學習如何使用它來可視化蛋白質結構中的活動網(wǎng)站。

 

應用筆記

在Geneious中創(chuàng)建SNP樹

關于如何使用來自埃博拉病毒分離株的下一代測序數(shù)據(jù)在Geneious中生成SNPtree的概述。

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